Nous avons la chance d’accompagner nos clients sur de très nombreuses années sur leur activité e‑commerce. Cela nous amène à expérimenter régulièrement le cycle inévitable de la transmission/cession de l’activité. Que ce soit un départ à la retraite, un changement de cap stratégique ou une opportunité de cession, la question finit toujours par se poser : que vaut mon activité, et comment la transmettre dans les meilleures conditions ?

Dans ce processus, un paramètre est souvent sous-estimé, parfois jusqu’au dernier moment : l’architecture technique sur laquelle repose l’activité. Un site Magento, ou autre solution open source, ou développé sur mesure ne se transmet pas de la même manière qu’une boutique hébergée sur Shopify, Wizishop ou BigCommerce. Les enjeux juridiques, financiers et opérationnels sont fondamentalement différents. Et les repreneurs le savent.

Cet article propose un tour d’horizon concret de ces différences, nourri par notre expérience terrain et par des données disponibles sur le marché de la cession d’entreprises digitales.

Le marché de la transmission e‑commerce : un contexte en accélération

Le marché français de la cession d’entreprises est en croissance. Selon les données de la Direction Générale des Entreprises (DGE), environ 55 000 transmissions étaient anticipées en France pour 2024, en hausse de 10 % par rapport à 2023 ^[1]. L’étude Altares 2025 confirme cette dynamique dans le commerce, avec un prix moyen de cession de fonds de commerce en augmentation de 5,7 % sur un an ^[2].

Dans le numérique, cette tendance est amplifiée par la maturation de nombreuses activités e‑commerce lancées entre 2015 et 2020, dont les fondateurs arrivent à un moment charnière. Des plateformes spécialisées comme Dotmarket en France ^[3] ou Empire Flippers ^[4] et FE International ^[5] à l’international structurent un marché de plus en plus professionnel, avec des méthodologies de valorisation éprouvées.

C’est dans ce contexte que la question de la stack technique prend tout son sens.

Comprendre les deux modèles

Le site “en propre” (self-hosted / open source)

On parle ici d’un site e‑commerce dont le code source est hébergé sur les serveurs du marchand (ou ceux de son prestataire), et dont l’entreprise maîtrise l’intégralité de la stack technique. Les solutions les plus courantes sont Magento (OpenSource, MageOS), Sylius, PrestaShop, WooCommerce, ou des développements sur mesure (Symfony, Laravel, etc.).

Le marchand est propriétaire de son code applicatif, de ses données, de son infrastructure. Il en assume aussi la maintenance, la sécurité et les évolutions.

Le site SaaS (Software as a Service)

À l’inverse, un site e‑commerce SaaS repose sur une plateforme tierce qui héberge le code, les données et l’infrastructure. Le marchand loue un droit d’usage via un abonnement mensuel. Shopify, Wizishop, BigCommerce ou Wix Commerce en sont les exemples les plus répandus.

Le marchand n’a pas accès au code source de la plateforme. Il paramètre, personnalise (dans les limites prévues), et exploite. Mais ne possède pas l’outil.

Ce que voit un repreneur : l’angle de la due diligence

Lorsqu’un acquéreur potentiel analyse une activité e‑commerce, l’audit technique (ou “due diligence technologique”) fait désormais partie des incontournables, au même titre que l’audit financier ou juridique. Des cabinets spécialisés comme Vaultinum ^[6] ou CohnReznick ^[7] insistent sur l’importance de cette étape pour évaluer les risques cachés et la scalabilité du business.

Voici ce que regardent concrètement les repreneurs, et comment chaque modèle se positionne.

1. La propriété des actifs numériques

Site en propre : le code source, les développements spécifiques, les intégrations sur mesure font partie intégrante du patrimoine immatériel cédé. C’est un actif valorisable à part entière. Attention toutefois : comme le rappelle la jurisprudence autour de l’article L131-3 du Code de la Propriété Intellectuelle ^[8], il est indispensable que les droits de propriété intellectuelle sur les développements réalisés par des prestataires soient formellement cédés. Sans clause de cession explicite, l’agence ou le développeur peut revendiquer la propriété du code - un risque majeur lors d’une transmission.

Site SaaS : il n’y a pas de code source à transmettre. L’actif cédé est un droit d’usage (l’abonnement, le compte, les données). C’est plus simple mais aussi plus immatériel : le repreneur acquiert un bail commercial numérique, pas un fonds de commerce technique.

2. La dette technique et le coût de maintien

Site en propre : c’est l’un des points de vigilance majeurs pour un repreneur. Un site Magento 1 non migré, un PrestaShop avec des dizaines de modules non maintenus, un framework maison sans documentation… la dette technique peut représenter un investissement post-acquisition considérable. Selon les analyses de CohnReznick ^[7], les acquéreurs expérimentés intègrent systématiquement le coût de remise à niveau dans leur offre. Un site bien maintenu et documenté se vend donc significativement mieux.

Site SaaS : la dette technique au sens strict est quasi inexistante côté marchand, puisque c’est la plateforme qui gère les mises à jour, la sécurité et l’infrastructure. Mais cette simplicité apparente de la solution SaaS mérite d’être nuancée. Plusieurs analyses du coût total de possession (TCO) en e‑commerce ^[12] montrent que le modèle SaaS génère des coûts variables souvent sous-estimés : frais de transaction sur les paiements externes (jusqu’à 2 % supplémentaires chez Shopify si l’on n’utilise pas Shopify Payments), accumulation d’applications payantes dont les abonnements mensuels s’additionnent, et commissions qui augmentent mécaniquement avec le chiffre d’affaires - ce que certains analystes qualifient de “success tax Shopify” ^[13]. Pour un repreneur, ces coûts récurrents et progressifs doivent être intégrés dans l’analyse de rentabilité au même titre qu’une dette technique classique.

3. La dépendance à un tiers (vendor lock-in)

Site en propre : la dépendance se situe principalement au niveau du prestataire technique (agence, développeur). Si celui-ci disparaît ou ne collabore plus, un autre prestataire compétent peut prendre le relai : le code est accessible. C’est un risque maîtrisable.

Site SaaS : la dépendance à la plateforme est structurelle. C’est ce qu’on appelle le “vendor lock-in”. Si par exemple Shopify modifie ses conditions tarifaires, ses CGU, ou décide de suspendre un compte, le marchand n’a que peu de recours (et ça arrive fréquemment !). Comme le souligne l’analyse d’Alokai ^[9], la migration depuis une plateforme SaaS est souvent complexe et coûteuse : Shopify, par exemple, ne restitue qu’un fichier CSV des produits lors d’un export - le design, les pages, les automatisations doivent être recréés intégralement. Pour un repreneur, cette dépendance est un facteur de risque qu’il intègrera forcément dans sa négociation.

4. La portabilité des données et la réversibilité

Site en propre : la base de données est intégralement sous contrôle. Historique des commandes, fiches clients, catalogues produits, données SEO, logs serveur… tout est exportable et migrable. La réversibilité est totale.

Site SaaS : les données sont accessibles via les outils d’export de la plateforme ou son API, mais rarement de manière aussi exhaustive. Certains historiques (sessions utilisateurs, parcours de navigation, données d’A/B testing intégrées) peuvent être perdus. La portabilité dépend directement de la politique de la plateforme, qui peut évoluer et va dépendre de vos contrats avec la plateforme, voire d’options à anticiper.

5. Et concrètement, quel impact sur la valorisation ?

En France, la valorisation d’une activité e‑commerce repose le plus souvent sur un multiple de l’EBE (Excédent Brut d’Exploitation), parfois complété par une approche comparative basée sur des transactions récentes ^[10]. L’idée est simple : combien de fois le résultat annuel un acquéreur est-il prêt à payer ? Pour le e‑commerce, ce multiple oscille généralement entre 3x et 6x selon la taille, la récurrence du chiffre d’affaires et la solidité de l’activité.

Or, le choix de la plateforme technique influe directement sur ce calcul, par deux biais.

D’abord, sur l’EBE lui-même. Un site Magento bien maintenu, avec une infrastructure optimisée, peut afficher des charges techniques maîtrisées et un EBE solide. Mais un Magento vieillissant, avec une dette technique lourde, génère des coûts de maintenance récurrents qui grignotent la rentabilité - et donc la base de calcul. À l’inverse, un site Shopify va sur le papier présenter des charges techniques en apparence prévisibles. Mais attention : comme le soulignent plusieurs études comparatives ^[12]^[13], le TCO réel d’un SaaS peut croître significativement avec le chiffre d’affaires (frais de transaction, apps tierces, commissions variables). Un repreneur averti recalculera l’EBE en intégrant ces coûts progressifs, qui ne figurent pas toujours dans la présentation initiale du cédant.

Ensuite, sur le multiple appliqué. Le multiple reflète le risque perçu par l’acheteur. Un Magento moderne, documenté, avec une propriété intellectuelle sécurisée (contrats prestataires en ordre, clauses de cession existantes, et cédant en mesure de prouver qu’il est bien propriétaire de l’intégralité du code applicatif de son site), sera perçu comme un actif solide - le multiple sera favorable. Un Magento obsolète ou un Shopify bardé de 40 applications tierces instables introduisent de l’incertitude : le multiple baissera, ou le repreneur négociera une décote pour couvrir les coûts de remise à niveau.

Les données du marché ^[4]^[5]^[11] confirment cette logique : les activités Direct to Consumer (DTC) maîtrisant leur relation client obtiennent des multiples de 4x à 6x EBITDA, tandis que celles exposées à une dépendance forte - que ce soit à une marketplace ou à une plateforme SaaS aux dépendances fragiles - se situent plutôt entre 3x et 4x. Ce n’est donc pas tant “Magento contre Shopify” qui fait la différence, mais la qualité de l’exécution et la maîtrise du risque technique dans chaque modèle.

Avantages comparés : la synthèse pour cédants et repreneurs

Les atouts du site en propre lors d’une cession

Pour le cédant : le code source est un actif tangible qui enrichit la valorisation. Les développements spécifiques, les intégrations sur mesure, l’historique technique documenté sont autant d’éléments différenciants. Un site bien construit sur Magento ou PrestaShop, avec une architecture claire et une propriété intellectuelle sécurisée, peut justifier une prime de valorisation.

Pour le repreneur : il acquiert un outil qu’il possède et qu’il peut faire évoluer librement. Pas de dépendance à une plateforme, pas de risque de changement unilatéral des conditions. C’est aussi un terrain propice aux améliorations post-acquisition (refonte UX, migration vers une stack plus moderne, headless commerce) - autant de leviers de création de valeur.

Les atouts du site SaaS lors d’une cession

Pour le cédant : la simplicité de l’écosystème est un argument de vente. Pas de serveurs à gérer, pas de dette technique à justifier (sauf intégrations tierces et développements sur mesure ce qui est souvent le cas), des coûts de maintenance transparents et prévisibles. Le transfert est souvent plus rapide (changement de propriétaire du compte).

Pour le repreneur : le modèle SaaS réduit l’incertitude technique. Le coût d’entrée est plus faible, la courbe d’apprentissage plus douce. Pas besoin de recruter une équipe technique interne pour maintenir le site. C’est un argument fort pour les profils repreneurs non-techniciens ou les investisseurs qui recherchent des opérations “clé en main”. En contrepartie, le repreneur doit intégrer dans ses projections que le TCO d’un SaaS n’est pas figé : il évolue avec le chiffre d’affaires, et les coûts de sortie en cas de migration vers une autre solution peuvent être significatifs ^[9]^[12].

Ce que nous observons chez Xtand

En tant qu’agence e‑commerce à Bordeaux spécialisée depuis plus de 15 ans sur Magento et les solutions open source, notre expérience sur ces sujets nous a appris quelques réalités de terrain qui ne figurent pas toujours dans les rapports d’analystes.

La documentation est le nerf de la guerre. Quel que soit le modèle, un repreneur sera toujours plus confiant face à une activité documentée : processus métier, architecture technique, accès, identifiants et clés/passe, contrats prestataires, historique des décisions techniques. Nous recommandons systématiquement à nos clients de maintenir cette documentation vivante, bien avant qu’un projet de cession ne se concrétise et nous les aidons également pour la partie qui nous concerne directement.

Les sites en propre souffrent souvent d’un déficit de préparation. Nous le constatons régulièrement : des sites Magento ou PrestaShop dont personne ne sait vraiment qui possède les droits sur le code, dont l’hébergement est lié au compte personnel du fondateur, dont les accès et mots de passe sont mal gérés. Tout cela se prépare, et idéalement bien en amont.

Les sites SaaS ne sont pas exempts de complexité. Un site Shopify avec 40 applications tierces, un WooCommerce obèse, des automatisations Zapier dans tous les sens et un thème lourdement personnalisé par du code spécifique non documenté représente une transmission tout aussi délicate qu’un Magento vieillissant. La simplicité du SaaS n’est réelle que si elle est maintenue dans le temps.

Le repreneur idéal dépend du modèle. Un profil investisseur/gestionnaire sera souvent plus attiré par un SaaS pour sa prévisibilité supposée et s’il adhère au modèle. Un profil entrepreneur/technicien valorisera davantage un site en propre pour la liberté qu’il procure. Comprendre le marché des repreneurs est aussi important que préparer l’activité elle-même.

Préparer la transmission : nos recommandations

Quel que soit le modèle technique, voici les points que nous abordons avec nos clients qui envisagent une cession :

Sécuriser la propriété intellectuelle. Pour un site en propre, s’assurer que les contrats avec les prestataires incluent une clause de cession de droits conforme à l’article L131-3 du CPI ^[8]. Vérifier les licences des composants open source utilisés (attention aux licences GPL/AGPL qui imposent des obligations de redistribution).

Auditer la stack technique. Réaliser ou faire réaliser un audit technique objectif : état du code, niveau de dette technique, qualité de la documentation, dépendance à des services tiers, pérennité de l’architecture. Pour un site SaaS, recenser précisément les applications tierces, les intégrations et les flux de données.

Documenter les processus. Créer un “manuel de l’opérateur” qui permette à un repreneur de comprendre rapidement comment fonctionne l’activité au quotidien : gestion des commandes, relation fournisseurs, stratégie d’acquisition, gestion des retours, etc.

Anticiper les questions de réversibilité. Pour un site SaaS, préparer un plan de migration hypothétique : que se passerait-il si la plateforme n’était plus viable ? Quelles données sont exportables ? À quel coût ? Cette anticipation rassure considérablement un repreneur.

Normaliser les résultats financiers. Travailler avec un expert-comptable familier du digital pour présenter un EBE normalisé, en réintégrant les charges personnelles et en isolant les investissements exceptionnels. C’est la base de toute valorisation crédible ^[10].

En conclusion

Il n’y a pas de modèle supérieur pour la transmission d’une activité e‑commerce. Le site en propre offre un patrimoine technique tangible et une liberté totale, mais exige rigueur et préparation. Le modèle SaaS offre simplicité et prévisibilité, mais implique une dépendance structurelle qu’il faut savoir mesurer et communiquer.

Ce qui fait réellement la différence, dans les deux cas, c’est la qualité de la préparation. Une activité bien documentée, avec des droits sécurisés, des résultats normalisés et un narratif clair, se vendra toujours mieux (et plus cher) qu’une activité aux contours flous, aussi performante soit-elle.

La cession d’une activité e‑commerce est un sujet que nous abordons de plus en plus tôt avec nos clients, et nous encourageons tous les e-commerçants à y réfléchir bien avant que l’idée d’une cession ne se concrétise. Parce que préparer la transmission, c’est aussi une manière d’améliorer la gestion quotidienne de son activité. Parlons-en.